Baltinavas vidusskolas skolēnu pašpārvaldes organizācija- Skolēnu padome darbojas atbilstoši reglamentam 9 cilvēku sastāvā. Skolēnu padomi ievēl katra mācību gada sākumā uz vienu gadu. Skolēnu padomes prezidentu un viņa vietnieku no sava vidus ievēl Skolēnu padomes locekļi.
Baltinavas vidusskolas Skolēnu padomes sastāvs 2025./2026. mācību gadā :
- Andris Astratovs (12.klase)- Skolēnu padomes prezidents
- Jānis Logins (12.klase)- Skolēnu padomes prezidenta vietnieks
- Dagnija Antonova (12. klase)
- Aivita Šolina (12.klase)
- Jēkabs Slišāns (9.klase)
- Janeks Supe (9.klase)
- Madara Maksimova (7.klase)